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检索 arXiv 论文元数据，并下载 PDF、HTML 或 LaTeX 源文件。

通过 OpenAlex 检索学术论文、作者与机构，解析 DOI 并下载开放获取 PDF

检索 PubMed 文献并获取摘要、全文及跨库关联

检索 Europe PMC 开放获取文献，并下载全文、PDF 与引用信息

检查并在缺失时安装 uv，确保其可执行并位于 PATH 中。

按 DOI 或窄日期范围检索 bioRxiv/medRxiv 元数据并输出 JSON。

将已完成的工作流提炼为可复用 Agent Skill，并完成设计、实现与验证。

查询 ClinicalTrials.gov 临床试验、资格标准与数量统计

使用 PyMOL 渲染和分析蛋白质结构并输出图像与会话文件

按 UniProt 编号下载 AlphaFold 预测结构，分析 pLDDT 置信度与结构域边界

检索和下载 RCSB PDB 生物大分子结构及相关元数据

通过 NCBI E-utilities 按登录号、基因或 PubMed 检索蛋白与核酸序列

通过脚本查询 PubChem 化合物标识、性质、安全与生物活性信息

调用 AlphaGenome 分析遗传变异对表达、染色质与剪接的影响并生成报告

检索 UniProt 蛋白质元数据、序列并进行 ID 映射

封装脚本查询 ChEMBL 的分子、靶点、活性与药物数据，结果写入文件

查询 Ensembl 基因、序列与变异后果

检索人类蛋白质图谱的蛋白表达、亚细胞定位与基因信息。

查询 Open Targets 靶点-疾病关联与药物证据

查询和映射 NCBI dbSNP 短遗传变异，支持 rsID、坐标、HGVS 互转和区域检索。

使用 EBI Clustal Omega 比对多条蛋白质序列并分析保守性。

检索生物医学本体术语、定义与层级关系

封装 Reactome 通路富集、标识符映射与通路数据查询

用 Foldseek API 对 3D 蛋白结构做相似性搜索并生成报告

检索 GTEx 组织 RNA 表达中位数与显著 eQTL 数据

查询 STRING 数据库的蛋白质互作、功能富集与同源信息

查询 JASPAR 数据库，获取转录因子结合谱 PFM/PWM 与元数据

查询 gnomAD 变异频率、基因约束与区域变异，结果输出为 JSON

检索 QuickGO/ECO 的 GO 术语、基因产物与功能注释，并支持 GO Slim 汇总。

查询ENCODE调控元件与实验数据的命令行工具集

查询 UCSC 基因组保守性分数与转录因子结合位点

查询 UniBind 转录因子结合位点数据集并下载 BED/FASTA 文件

对遗传变异进行 AVI 评分、注释与区域扫描分析

为 AlphaGenome Atlas 构建变异、区间和轨道预测深度链接

分析、修复并归属古希腊/拉丁古代文本。

安全验证并引导配置 API 密钥，避免敏感值泄露。