K-Dense-AI

Zarr-Python 3 科学 N 维数组存储、分块压缩与查询指南

结构化研究情景分析与应急方案规划。

微生物组基础模型的嵌入、微调、基准评测与数据转换工具

按期刊、会议、海报和基金要求准备学术文档并检查格式。

用 Vaex 分析超内存表格数据并做统计、可视化与格式转换。

查询美国财政部 Fiscal Data API，获取债务、报表、利率和国债拍卖数据。

科学计算中的单位换算、不确定度传播与物理合理性检查。

应用 UMAP-learn 进行非线性降维、嵌入可视化与聚类预处理。

使用 Hugging Face Transformers 进行模型加载、推理、生成与微调

PyTorch Geometric 图神经网络开发指南

TorchDrug 0.2.1 分子图建模与训练排错指南

TimesFM 零样本时序预测，支持分位数区间、协变量、CSV 和留出评估。

用于基因组变异数据的 TileDB-VCF 存储、查询、统计与导出。

用 Tellurium 模拟生化动力学模型、对比参数扰动并导出 SED-ML 归档

通过 Tamarind 云端运行分子设计工具

SymPy 符号数学计算指南，覆盖代数、微积分、方程、矩阵、物理与代码生成。

用于 Python 统计建模与计量经济分析的参考型 Skill，覆盖回归、GLM、离散选择、时间序…

规划研究样本量与统计功效，支持闭式计算和蒙特卡洛模拟。

面向研究数据的统计检验、假设检查、效应量与 APA 报告指导。

提供 Stable Baselines3 强化学习训练与评估指南，含自定义环境和回调模板。

用 SimPy 构建、校验并分析有界离散事件仿真模型

用 SHAP 解释并审计机器学习预测，校验归因并生成可视化。

用 Seaborn 生成统计图形与出版级绘图代码

拟合单细胞组学概率模型，支持批次整合、注释、多模态分析和差异表达。

基于剪接/未剪接单细胞计数运行 scVelo RNA 速度分析，输出图表与 H5AD 结果。

基于 scikit-survival 的生存分析与竞争风险建模、评估和本地报告工作流

提供 scikit-learn 分类、聚类、预处理、评估与 Pipeline 构建指南及示例脚本。

基于 scikit-bio 的生物序列与微生物组分析：比对、进化树、多样性、排序和统计检验

用 Matplotlib/Seaborn/Plotly 设计并审计可发表的科研图表，含配色对比度与…

制作科研演示文稿，含结构设计、模板、图像生成、PDF/PPTX/Beamer 输出与视觉校验。

生成科学示意图PNG草稿，含AI评审与至多两轮改进。

评估科学主张与证据质量，审查设计、偏倚与统计，输出结构化批评

引导证据感知的科学头脑风暴，组织独立发散、结构化评审与透明决策记录。

对学术作品做证据可追溯的定性评审，并审计低风险评估量规。

Scanpy 单细胞 RNA-seq 质控、降维、聚类、注释与可视化分析工具包

通过 Rowan 云端 Python API 运行分子建模、性质预测与对接工作流。

检索并整理学术文献，提取证据并生成稿件研究资料包。

科研基金申请书撰写与评审辅助，覆盖 NSF、NIH、DOE、DARPA、NSTC。

RELSA动物严重度评分、ARIMA预测与KDE阈值分析

校验STAR并驱动RELION单颗粒精修与半图后处理

基于 RDKit 的分子分析工具，可解析结构、计算描述符、相似性检索和子结构筛选。

量子系统建模、仿真与结果审计工具

端到端处理配对末端 16S amplicon 数据，生成 QIIME 2 ASV、分类与 QC 溯…

用 pyzotero 管理 Zotero 文献库与引用导出

用于构建、训练和扩展 PyTorch Lightning 深度学习项目的参考与代码模板。

PyTDC 治疗性数据集与基准工作流

pysam 基因组文件读取、查询、过滤、写入与 QC 汇总指南

用 pyOpenMS 脚本处理质谱数据，支持特征检测、鉴定与定量。

使用 pymoo 求解单/多/多目标优化，处理约束、Pareto 前沿与决策分析。

构建和诊断 PyMC 贝叶斯模型，含分层建模、NUTS、变分推断、后验预测与模型比较。

分析、验证、转换材料结构并生成相图与对称性报告。

开发和审查 PyLabRobot 实验室自动化协议、移液计划与离线仿真。

构建与验证 PyHealth 临床机器学习流水线，覆盖数据加载、训练与医学编码映射

本地 DICOM 元数据读取、像素规划、格式转换与去标识审计

用本地 TDB 计算 CALPHAD 平衡相分数与相组成。

用 PyBaMM 模拟锂电池充放电，并校验数值误差与实测偏差

PufferLib 强化学习环境的版本化指南、验证与训练规划工具。

读取、校验并导出 protocols.io 协议数据，生成不执行的变更演练计划。

用 Primer3 设计并审计 PCR/qPCR 引物，含热力学与特异性筛查

从本地清单与素材生成并审计可编辑科研海报 PPTX，要求作者审批与本地安全检查。

基于 Polars/DataFusion 的基因组区间运算与生物信息学文件读写

Polars 表达式式数据处理参考：ETL、惰性查询优化与 pandas 迁移

指导安装与操作 Pi 终端编码代理，并基于 SDK、RPC、扩展与 MCP 构建集成。

本地完成多序列比对、系统发育树推断与树摘要可视化。

构建、求导与优化 PennyLane 量子线路及混合模型，覆盖 VQE/QAOA 和模拟器验证。

面向授权同行评审的稿件评估与结构化审稿意见草稿工具。

对基因列表或排序基因数据进行通路/基因集富集分析并解释结果

查询公开LAPIS病原基因组监测数据，描述谱系流行率、报告延迟与突变频率。

本地计算病理研究流程：切片分块、质控、空间图与模型推理规划。

调用 Parallel CLI 完成网页搜索、内容提取、深度研究、结构化数据补全、实体发现和定期监…

通过 pz CLI 读取 Paperzilla 的项目、推荐与论文，支持搜索、反馈和 JSON 导…

跨 18 个学术数据库检索论文、预印本、引用与开放获取全文，并附可复现来源。

通过 Paperclip CLI 检索生物医学文献、监管文件与临床试验，支持全文检索、批量抽取与行…

准备并启动 nf-core/pacsomatic 肿瘤-正常 PacBio HiFi 基因组流程。

面向科学计算 Python 的 NVIDIA GPU 加速迁移、验证与基准指南。

编写、审查、迁移并模拟 Opentrons Flex/OT-2 的 Python 实验协议。

从 PIV 图像对提取速度场并完成验证、异常值替换与分析。

自托管研究笔记本API：导入来源、记笔记、带引用对话、搜索与生成播客。

查询 1000 Genomes 队列的个体与变异，支持筛选、计数和亲缘关系分析。

OMERO 显微镜数据盘点、元数据导出与传输规划工具，默认试运行，写操作需审核。

将平面双光子 TIFF 与位置 CSV 转换为经校验的 NWB，并检查时钟对齐和元数据。

将校准后的一维复数 NMR FID 处理为相位谱、峰候选和带符号积分报告。

构建、运行与调试 Nextflow/nf-core 流水线的开发指南

Neuropixels 端到端分析：预处理、漂移校正、spike sorting、质量指标和单元整…

面向 NeuroKit2 的生理信号可复现研究流程

NetworkX 图创建、算法分析、合成网络与可视化指南

规范化实体并查询 ARAX 生物医学知识图谱的限定关系与来源。

Molfeat：将分子转换为指纹、描述符或预训练嵌入，用于分子机器学习与相似性搜索。

提供 Modal 云端 Python/GPU 部署、扩缩容、Web 端点与定时任务指南。

应用药物化学规则、结构警示和复杂度阈值过滤化合物库

创建和定制 Matplotlib 科学图表，支持多面板布局与 PNG/PDF/SVG 导出。

MATLAB/Octave 数值代码审查、迁移与可复现工作流规划

使用 matchms 清洗、比对和检索 MS/MS 质谱图，输出相似度评分与库匹配结果。

将多种文档与 URI 转为 Markdown，支持批量、OCR 和 MCP 集成。

生成可审计的市场研究报告，含市场规模情景、预测敏感性和证据台账。

撰写 Markdown 文档并生成 Mermaid 图表的样式指南与模板

从成对海水测量计算碳酸盐体系、矿物饱和度及不确定性。

用 MAGeCK 分析 pooled CRISPR 筛选并输出 QC 与基因命中排名

开展系统、范围与叙述性文献综述，含检索、筛选、综合、引文核验与 PDF 生成。

本地解析 PDF/Office/图片，输出空间文本框、JSON、Markdown 与页面截图