抗体序列 FTO 分析技能
概述
本技能针对人源化抗体（或其他治疗性抗体）的重链（HC）和轻链（LC）蛋白序列，执行系统性自由实施（FTO）初步筛查，输出结构化 HTML 报告。
典型输入：
- 抗体名称 + HC 全长氨基酸序列
- 抗体名称 + LC 全长氨基酸序列
- （可选）靶点名称、治疗适应症、目标上市国家/地区
典型输出：
- 序列比对结果摘要（Top 命中、同一性、claimed 状态）
- CDR / 框架区 / Fc 区风险分级表
- Anti-靶点专利格局概览
- 行动建议（按优先级分级）
- 带 PatSnap 来源链接的 HTML 报告
工作流程
Step 0 — 解析序列
- 识别信号肽、VH/VL 区、CDR1/2/3（Kabat 编号）、框架区（FR1–4）、CH/CL 区、Fc 区
- 提取用于 BLAST 比对的成熟序列（去除信号肽）
Step 1 — 序列 BLAST 比对
使用 ls_sequence_search_submit 对 HC 和 LC 分别提交 PROTEIN 序列搜索：
- sequence_type: PROTEIN
- query_type: PROTEIN
- database: ["ALLPATENT", "CLAIMS"]
- evalue: 1e-5
轮询 ls_sequence_search_check_status 直至 SUCCESS，再用 ls_sequence_search_get_results 获取 Top 命中。
关注维度：
- identity ≥ 90%：中风险，需分析 CDR vs 框架区差异
- identity ≥ 95%：高风险，需立即拉取对应专利权利要求
- claimed = Yes：已被权利要求保护，风险更高
- claimed = No：出现于说明书但未受权利要求保护，需进一步核查
Step 2 — 抗体-抗原数据库查询（可选）
使用 ls_antibody_antigen_search 以靶点名称检索已知抗体，识别相关竞争抗体及其专利关联。
Step 3 — 靶点专利格局检索
使用 patsnap_search 检索靶向目标抗原的抗体专利：
- keywords: [靶点名, "antibody", "monoclonal", "humanized"]
- filters.ipc: ["C07K16"]
- 关注 legal_status: active / pending
Step 4 — 风险分级
按以下维度逐项评估：
| 维度 | 评估逻辑 |
|---|---|
| HC CDR 区 | 与命中序列 CDR 比对，差异 ≥ 3 aa 视为低风险 |
| LC CDR 区 | 同上 |
| HC 框架区 | 通用 VH 框架属公共域；需核查是否有 genus claim 覆盖 |
| LC 框架区 | 同上；若 identity ≥ 99% 需重点核查 |
| Fc 区 | 标准 IgG1/2/4 Fc 为公共域；Fc 工程改造专利需单独评估 |
| 靶点层面 | 检查靶向同一抗原的活跃专利权利要求范围 |
风险等级：🟢 低 / 🟡 中 / 🔴 高
Step 5 — 生成 HTML 报告
输出包含以下 Tab 的完整 HTML 报告：
- 总览：分析范围、核心发现、整体 FTO 结论
- 序列信息：彩色标注 HC/LC 序列（信号肽/CDR/框架/Fc）、CDR 明细表
- HC 比对结果：Top 命中、同一性进度条、参比抗体 CDR 差异对比
- LC 比对结果：高相似命中预警、Top 命中、CDR 差异分析
- 专利格局：靶点专利格局表、参比抗体来源分析
- 风险评估：序列层面逐项风险评分（含进度条）、靶点竞争格局
- 行动建议：按优先级 1/2/3 分级的具体追查步骤
- 参考来源：带 PatSnap 可点击链接的来源清单
重要约束
- ⚠️ 本技能输出为技术研究性 FTO 初步筛查，不构成正式法律意见
- 最终 FTO 结论需专利律师对权利要求逐条比对后给出
- 所有结论需绑定可追溯的 [S#] 来源标记
- 不捏造序列同一性数据、专利号或权利要求内容
- 仅当工具返回结果时才输出相应内容，无结果则明确说明
触发条件
当用户提供以下任意组合时加载本技能：
- 抗体蛋白序列（HC 和/或 LC）+ FTO / 自由实施 / 侵权风险 / 专利风险
- "抗体序列专利比对"
- "针对 [序列] 做 FTO 分析"
- "序列 BLAST + 专利检索"
典型查询示例
- 针对以下 Anti-CD5 人源化抗体序列，做一个 FTO 分析：[HC 序列] [LC 序列]
- 这条抗 HER2 抗体序列有没有专利侵权风险？[序列]
- 帮我评估这条 PD-1 单抗的重链序列在专利上是否干净
- 对 Anti-EGFR 人源化抗体做序列层面的 FTO 初步筛查，并生成 HTML 报告
参考实例
本技能首次运行于 Anti-CD5 人源化抗体（HC 468 aa / LC 232 aa）FTO 分析， 关键发现：
- HC Top 命中最高同一性 93.8%（序列号 452888634），CDR 区差异显著，低风险
- LC Top 命中最高同一性 99.5%（序列号 1049013451，not claimed），需重点核查对应专利权利要求
- 整体 FTO 初步结论：中低风险