research-ops — 科研项目工作区通用方法论

本 skill 只给通用规则 + 参数化脚本，零项目专有路径。 具体「组名 / 本地路径 / Zotero collection / Obsidian 文件夹 / 飞书文件夹 / 同步端点」一律由各项目的 AGENTS.md 特化（§8）。 配合：obsidian-ops（笔记）、zotero-ops（文献）、lark-*（飞书）。

1. 四层真源模型（SSOT：每类内容只有一个真源）

流动规则：跨工具只单向派生——Zotero→Obsidian；本地→飞书。原始/敏感数据永不出本地。

2. 项目身份（ID）

<组码>-<项目slug>，例：als-intronic、jl-cadgen。四处命名对齐（Zotero collection / Obsidian 文件夹 / 飞书文件夹 / 本地目录）。

3. 本地目录模板

<组根>/
├── AGENTS.md              # ★ 特化：本组映射（§8）
├── INDEX.md               # ★ 登记表（§4）
├── projects/<项目>/       # 或小项目平铺在组根，用 INDEX 登记
│   ├── README.md  STATE.md    # 是什么 / ★当前基线
│   ├── scripts/ data/ results/ output/   # （非 git 项目 output/versions/<时间戳>/ 快照）
│   ├── handoff/               # 每轮交接单（人机协作）
│   ├── tmp/                   # 仅临时中间件；用完即清
│   └── chats/                 # 会话存档（也可放组根）
├── shared/                    # 跨项目只读（★ registry/ = 唯一事实源，可写）
├── archive/
├── buffer/                    # ★ 扁平：人 ⇄ AI 文件直接放这里（无 inbox/outbox）
├── chats/
└── .trash/                    # 软删除（压缩包 + _index.json；见 project-organization §六）

• STATE.md = 当前基线（AI 接手先读，只写"现在以什么为准"）。
• 删除走 .trash/ 软删除；硬删前按全局 AGENTS「文件删除铁律」列清单并确认。

4. 组级 INDEX.md（登记表）

机器可读版可选：research.config.json（组根），脚本读它以免参数散落。

5. buffer 协议（人 ⇄ AI 的唯一交换口）

值钱在哪：用户不用学任何东西——丢文件 + 说一句「读取 buffer」即可；双向 · 可追溯 · 不硬删。越简单越好。

1. 用户把文件丢进 buffer/（扁平）；
2. 对 AI 说「读取 buffer」→ AI 列清单 + 归属方案（源→目标）；
3. 等用户确认（移动铁律）；
4. 确认后归位、记账；AI 的交付物也放 buffer/。

三条硬规则：① TTL 2 天 = 强制清理（超期一律清掉；buffer 只做中转）；② buffer 里每项必须在 projects/（或 shared//archive/）有归宿（不当唯一副本）；③ 同一交付物只留最新一版（旧版自动进暂存；buffer.py tidy --apply）。

6. chats 协议（对话存档）

• opencode export <ses_id> > chats/<YYYYMMDD>_<主题>.json
• opencode.db 本身（本机数十 GB）永不进同步、永不迁移——只沉淀导出的存档。

7. 跨机同步纪律（不同同步方式 + 双端确认）

铁律：

1. 一个文件只走一条同步管道（opencode.db、Obsidian vault 都不进 Syncthing）。
2. 同步类操作要「双端确认」：本地端 + 远端（NAS）各查一次，别只看一端。
3. 脚本禁止写死绝对路径（换机失效）；路径/端点由参数或项目 AGENTS.md 提供。
4. 涉及远端访问一律走 ssh-mesh（mesh_run.py），不自拼 ssh。

8. 特化机制（各项目 AGENTS.md 写什么）

通用规则在本 skill；本组的"值"写在项目 AGENTS.md。模板：

## 科研工作区特化（research-ops）
- 组码：<als | jl>
- 组根：<本地路径>
- 项目索引：本目录 INDEX.md
- 适用通用 skill：research-ops / obsidian-ops / zotero-ops（飞书走 lark-*）
- 映射：见 INDEX.md（项目ID ↔ Zotero collection ↔ Obsidian 文件夹 ↔ 飞书文件夹）
- 同步：本地 Syncthing 文件夹=<名>；笔记 LiveSync 库=<db>；文献同步=<URL>
- 会话入口：本 AGENTS.md → INDEX.md → 目标项目 AGENTS.md → STATE.md

9. 脚本

scripts/new_subproject.py

用途：在任意组根下新建子项目骨架（README/STATE/各目录/chats），可选登记进 INDEX。

scripts/doctor.py

用途：检查一个组根是否符合本规范（缺 README/STATE、根目录散落物、缓冲非空、INDEX 缺失）。

最新版

本技能开源，最新版以这两处为准：

• GitHub：https://github.com/TOMUIV/research-ops-skill
• ClawHub：research-ops（clawhub install research-ops）