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name: chatmosp-file-organizer
description: chatMOSP 系统的文件系统管理器。负责 MSR / RKMC / EKMC 任务的目录结构创建、智能命名（按金属_气体分压_温度K_压强Pa_R尺寸格式）、安全文件操作（路径遍历防护、白名单限制）。触发场景：parameter-builder 完成参数构建并经用户确认后，创建任务目录；或下游任务需要在父目录下创建子目录时。

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If the user writes in English → read SKILL_en.md in this same skill directory and follow it as the authoritative instructions; respond in English; you do NOT need to read the rest of this Chinese document.

若用户使用中文 → 继续使用本文件（SKILL.md）作为权威指令，并用中文回复。 Always match the response language to the user's input language.

chatmosp-file-organizer

1. 核心职责

智能任务命名：按 MSR / RKMC / EKMC 不同格式生成任务名
标准目录创建：MSR、RKMC 和 EKMC 的标准目录结构
链式层级管理：MSR → RKMC、MSR → EKMC、EKMC → RKMC 三种路由
安全文件操作：路径遍历防护 + 白名单限制

2. 安全第一原则

✅ 路径遍历防护：自动清理 ../、//、~ 等危险字符
✅ 白名单路径：所有操作限制在 mosp-for-chatMOSP/OUTPUT/
✅ TaskNameValidator：验证任务名合法性，支持新命名格式
✅ 权限检查：确保有适当读写权限

禁止模式：..、//、~、/root、/etc、*.exe、*.sh

允许字符：a-zA-Z0-9_-.Å

最大路径长度：512

3. 任务命名规则

3.1 MSR 任务

格式：{金属}_{气体分压}_{温度}K_{压强}Pa_R{尺寸}

示例：Pd_CO9_O18_473K_101325Pa_R50

字段	规则	默认值
金属	Pd、Pt、Au 等元素符号	必填
气体分压	多气体用 `_` 连接，分压跟在气体后（CO9 表示 CO 9%）	必填
温度	数值 + K	500
压强	数值 + Pa	101325
尺寸	R + 数值（Å）	20

3.2 RKMC 任务

⚠️ 重要：RKMC 任务目录在父目录（MSR 或 EKMC）下创建子目录。

格式：RKMC_{步数}steps

示例：RKMC_5000000steps

温度/压强/气体等条件信息继承父目录，简洁不重复。仅当 RKMC 与父级条件不同时，追加参数标注：RKMC_{T}K_{P}Pa_{pp}_{步数}steps。

3.3 EKMC 任务

⚠️ 重要：EKMC 任务目录在 MSR 目录下创建子目录。

格式（同条件）：EKMC_{步数}steps

示例：EKMC_1000000steps

格式（异条件）：EKMC_{T}K_{P}Pa_{pp}_{步数}steps

示例：EKMC_800K_1000Pa_CO100_2000000steps

温度/压强/气体等条件信息继承 MSR 父目录。仅当条件与 MSR 不同时才在子目录名中标注。

4. 目录结构

4.1 MSR 任务目录

mosp-for-chatMOSP/OUTPUT/{msr_task_name}/
├── faceinfo.txt            # 晶面信息
├── ini.xyz                 # 真实团簇（RKMC/EKMC 输入）
├── {task_name}_cluster.xyz # 绘图用结构文件
├── rotation.gif            # 旋转动画
├── structure.png           # 结构图
├── input.json              # MSR 参数文件
└── metadata.json           # 任务元数据

4.2 RKMC 任务目录（MSR → RKMC 直连）

mosp-for-chatMOSP/OUTPUT/{msr_task_name}/
└── RKMC_{步数}steps/
    ├── input.json          # RKMC 参数（独立）
    ├── ini.xyz             # 从 MSR 复制
    ├── coverage.png        # 覆盖度 vs 时间
    ├── coverage_steps.png  # 覆盖度 vs 步数
    ├── tof.png             # TOF vs 时间
    ├── tof_time.png        # TOF vs 步数
    ├── INPUT/              # 引擎自动填充
    └── OUTPUT/             # 引擎自动输出
        ├── rec_cov.data
        ├── rec_event.data
        └── rec_site_spc.data

4.3 EKMC 任务目录（MSR → EKMC）

mosp-for-chatMOSP/OUTPUT/{msr_task_name}/
└── EKMC_{步数}steps/                    ← EKMC 任务目录
    ├── input.json                        ← EKMC 参数（独立）
    ├── ini.xyz                           ← 从 MSR 复制
    ├── coverage.png
    ├── events.png
    ├── migration.png
    ├── structure_cov.png/.gif + structure_cov_legend.png
    ├── structure_cn.png/.gif  + structure_cn_colorbar.png
    ├── structure_gcn.png/.gif + structure_gcn_colorbar.png
    ├── EKMC-INPUT/                       ← 引擎工作目录
    └── EKMC-OUTPUT/                      ← 引擎原始输出
        ├── rec_cov.data
        ├── rec_event.data
        ├── final_stru.xyz                ← 演化后结构（可供 RKMC）
        └── migration_infos.data

4.4 EKMC → RKMC 链式目录（嵌套）

mosp-for-chatMOSP/OUTPUT/{msr_task_name}/
└── EKMC_{步数}steps/
    ├── ... (EKMC 文件，同上)
    └── RKMC_{步数}steps/                 ← RKMC 嵌套在 EKMC 下
        ├── input.json                    ← RKMC 参数（独立）
        ├── ini.xyz                       ← 从 EKMC-OUTPUT/final_stru.xyz 复制
        ├── coverage.png / coverage_steps.png
        ├── tof.png / tof_time.png
        ├── INPUT/
        └── OUTPUT/

⚠️ 设计原则：RKMC 嵌套在 EKMC 下 = RKMC 使用 EKMC 的演化结构。平级 = 平行实验（不依赖）。

4.5 直接 slab RKMC/EKMC 任务目录

slab 任务不需要 MSR 父目录，也不需要手动准备 ini.xyz。full_kmc_standalone.py 会根据 JSON 中的 Structure.mode="slab" 和 Structure.slab.surface 从 full_kmc/xyzfile-for-mosp 生成 slab 输入。

mosp-for-chatMOSP/OUTPUT/{slab_task_name}/
├── input.json
├── RKMC-INPUT/ 或 EKMC-INPUT/
├── RKMC-OUTPUT/ 或 EKMC-OUTPUT/
├── RKMC-OUTPUT-physical/ 或 EKMC-OUTPUT-physical/
├── coverage.png / events.png / tof.png 等图像
├── run.log
└── run_status.json

推荐命名：

{metal}_{surface}_{gas}_{T}K_{P}Pa_slab_RKMC_{steps}steps
{metal}_{surface}_{gas}_{T}K_{P}Pa_slab_EKMC_{steps}steps
{metal}_{surface}_{gas}_{T}K_{P}Pa_slab_stepwise_EKMC

5. 路径逻辑（三种路由）

ROUTE 1: MSR → RKMC（反应活性）
  OUTPUT/{msr}/RKMC_{steps}/
  ini.xyz 来源：MSR 的 ini.xyz

ROUTE 2: MSR → EKMC（形貌演化）
  OUTPUT/{msr}/EKMC_{steps}/
  ini.xyz 来源：MSR 的 ini.xyz

ROUTE 3: MSR → EKMC → RKMC（演后反析）
  OUTPUT/{msr}/EKMC_{steps}/RKMC_{steps}/
  ini.xyz 来源：EKMC 的 EKMC-OUTPUT/final_stru.xyz

ROUTE 4: 直接 slab RKMC/EKMC
  OUTPUT/{slab_task_name}/
  ini.xyz 来源：full_kmc 根据 slab 模板自动生成

5.1 MSR 任务路径

位置：mosp-for-chatMOSP/OUTPUT/{msr_task_name}/
MSR 生成 ini.xyz 和 {task_name}_cluster.xyz
不要为 MSR 准备 ini.xyz（MSR 自己生成）

5.2 条件继承规则

子目录（RKMC / EKMC）的命名遵循条件继承原则：

温度/压强/气体分压与父级相同时 → 简名（RKMC_{steps}steps / EKMC_{steps}steps）
条件不同时 → 在子目录名中标注差异参数
路径中缺少的上下文通过向上追溯父目录名获取

6. 可视化（引用 msr-generator）

MSR 结构图和旋转动画由 chatmosp-msr-generator 的 §5 步骤 3 负责生成。详见 msr-generator §5。

7. 接口示例

创建 MSR 目录

输入：

{
  "action": "create_msr_directory",
  "parameters": {
    "metal": "Pd",
    "temperature": "473",
    "gases": ["CO", "O2"],
    "partial_pressures": {"CO": 9, "O2": 18},
    "pressure": "101325",
    "radius": "50"
  }
}

输出：

{
  "success": true,
  "task_type": "MSR",
  "task_name": "Pd_CO9_O18_473K_101325Pa_R50",
  "directory_path": "mosp-for-chatMOSP/OUTPUT/Pd_CO9_O18_473K_101325Pa_R50",
  "standard_files": [
    "faceinfo.txt", "ini.xyz", "{task_name}_cluster.xyz",
    "rotation.gif", "structure.png", "input.json", "metadata.json"
  ]
}

创建 RKMC 目录

输入：

{
  "action": "create_rkmc_directory",
  "parameters": {
    "steps": "5000000",
    "parent_task": "Pd_CO9_O18_473K_101325Pa_R50",
    "parent_type": "MSR"
  }
}

输出：

{
  "success": true,
  "task_type": "RKMC",
  "task_name": "RKMC_5000000steps",
  "directory_path": "mosp-for-chatMOSP/OUTPUT/Pd_CO9_O18_473K_101325Pa_R50/RKMC_5000000steps",
  "required_files": ["input.json", "ini.xyz"],
  "empty_directories": ["INPUT", "OUTPUT"],
  "output_files": ["coverage.png", "coverage_steps.png", "tof.png", "tof_time.png"]
}

创建 EKMC 目录

输入：

{
  "action": "create_ekmc_directory",
  "parameters": {
    "steps": "1000000",
    "parent_task": "Pd_CO9_O18_473K_101325Pa_R50",
    "temperature_override": null,
    "pressure_override": null
  }
}

temperature_override / pressure_override 非空时子目录名追加条件标注。

输出：

{
  "success": true,
  "task_type": "EKMC",
  "task_name": "EKMC_1000000steps",
  "directory_path": "mosp-for-chatMOSP/OUTPUT/Pd_CO9_O18_473K_101325Pa_R50/EKMC_1000000steps",
  "required_files": ["input.json", "ini.xyz"],
  "empty_directories": ["EKMC-INPUT", "EKMC-OUTPUT"],
  "output_files": ["coverage.png", "events.png", "migration.png", "structure_cov.png", "structure_cn.png", "structure_gcn.png"]
}

创建 EKMC → RKMC 链式目录

输入：

{
  "action": "create_rkmc_directory",
  "parameters": {
    "steps": "2000000",
    "parent_task": "Pd_CO9_O18_473K_101325Pa_R50/EKMC_1000000steps",
    "parent_type": "EKMC"
  }
}

输出：

{
  "success": true,
  "task_type": "RKMC",
  "parent_type": "EKMC",
  "task_name": "RKMC_2000000steps",
  "directory_path": "mosp-for-chatMOSP/OUTPUT/Pd_CO9_O18_473K_101325Pa_R50/EKMC_1000000steps/RKMC_2000000steps",
  "ini_source": "EKMC-OUTPUT/final_stru.xyz"
}

8. 路由总结

路由	目录路径	ini.xyz 来源
MSR → RKMC	`{msr}/RKMC_{steps}/`	MSR `ini.xyz`
MSR → EKMC	`{msr}/EKMC_{steps}/`	MSR `ini.xyz`
MSR → EKMC → RKMC	`{msr}/EKMC_{steps}/RKMC_{steps}/`	EKMC `final_stru.xyz`
直接 slab RKMC/EKMC	`{slab_task_name}/`	full_kmc slab 模板自动生成

9. 错误处理

错误	处理
路径遍历攻击（../）	拒绝操作，返回错误
任务名非法字符	TaskNameValidator 拒绝
目录已存在	询问是否覆盖
权限不足	提示用户检查权限
路径超出白名单	拒绝操作
父目录不存在	提示先创建父任务目录
链式嵌套过深	限制最大嵌套 2 层（MSR → EKMC → RKMC）

10. 跨技能衔接

专用 parameter-builder → 本技能：参数确认后调用创建目录
本技能 → msr-generator：MSR 目录创建后调用计算
本技能 → kmc-simulator：cluster RKMC 目录创建后调用模拟
本技能 → ekmc-simulator：仅 cluster EKMC 目录创建后调用模拟
本技能 → slab-kmc-simulator：普通 slab RKMC/EKMC 目录创建后调用 chatmosp-slab-kmc-simulator
本技能 → stepwise-ekmc-simulator：slab 分步 EKMC 目录创建后调用 chatmosp-stepwise-ekmc-simulator
ekmc-simulator/slab-kmc-simulator → 本技能：EKMC 完成后如用户需要 RKMC，本技能在 EKMC 下创建嵌套 RKMC 子目录

11. 依赖

专用 parameter-builder — 获取任务参数
chatmosp-input-coordinator — 获取任务类型和路由
chatmosp-msr-generator — MSR 计算接收方
chatmosp-kmc-simulator — RKMC 模拟接收方
chatmosp-ekmc-simulator — cluster EKMC 模拟接收方
chatmosp-slab-kmc-simulator — slab RKMC/EKMC 模拟接收方
chatmosp-stepwise-ekmc-simulator — slab Stepwise EKMC 模拟接收方

12. 文件结构

chatmosp-file-organizer/
├── SKILL.md       # 本文件（中文）
└── SKILL_en.md    # 英文版

ChatMOSP File Organizer

安装技能